Organizace
Fakulta je dost složitý organismus, takže její strukturu popíšeme pouze stručně.
Univerzita Karlova v Praze
I když si to mnoho lidí (a hlavně novinářů) neuvědomuje, Matfyz patří pod Univerzitu Karlovu, o které jste už asi někdy slyšeli. Kromě nás tam patří filosofové, právníci, biologové a další nematfyzáci. Vedení univerzity se říká rektorát, v jeho čele je rektor (od února 2014 prof. Tomáš Zima z 1. lékářské fakulty) a jeho tým prorektorů. V podstatě s rektorátem nikdy nepřijdete přímo do styku, kromě velmi, velmi výjimečných událostí.
Matematicko-fyzikální fakulta
V čele fakulty stojí děkan, který se snaží celou fakultu ukočírovat. Samozřejmě, že to nemůže zvládnout sám, a proto má každou oblast života fakulty na starosti příslušný proděkan (celkem jich je osm). Děkan, proděkani a tajemník fakulty (ten má na starosti hospodaření) tvoří vedení fakulty.
Od září 2012 do roku 2016 je děkanem prof. Jan Kratochvíl.
Vědecká rada, složená z největších fakultních a externích odborníků, schvaluje studijní plány a mimo jiné projednává jmenování nových docentů a profesorů.
Senát
Dalším klíčovým orgánem fakulty je Akademický senát (AS), jenž má 24 členů - z toho 16 členů tvoří zaměstnaneckou komoru (ZKAS) a 8 členů studentskou komoru (SKAS) (viz Studentská komora AS). V čele stojí předsednictvo tvořené předsedou, dvěma místopředsedy a jednatelem. Senát má značný vliv na většinu podstatných fakultních záležitostí – volí a odvolává děkana, přijímá vnitřní předpisy a jeho souhlas je potřeba při sestavování fakultního rozpočtu, zřizování a rušení kateder a jmenování členů vědecké rady.
Studenti Matfyzu dále každé tři roky volí své dva zástupce do Akademického senátu Univerzity Karlovy (AS UK). Tento takzvaný velký senát je víceméně obdobou fakultního senátu, ale s působností v rámci celé univerzity (tedy např. volí rektora nebo přijímá vnitřní předpisy UK, které platí na všech fakultách).
Sekce
MFF UK se dělí na tři sekce, a to na matematickou, fyzikální a informatickou, každá sekce má svého proděkana. Sekce se skládají z jednotlivých kateder. Mimo tyto sekce stojí tzv. Jiná pracoviště: Katedra jazykové přípravy, Katedra tělesné výchovy (která je od jisté doby mezi matfyzáky překvapivě populární) a Knihovna fakulty. Dále jsou na fakultě samostatná výzkumná centra, účelová zařízení (např. reprografické středisko v Karlíně) a pochopitelně je tu děkanát, ve fakultní hantýrce nazývaný uzel D, který se skládá ze spousty oddělení, o kterých běžný matfyzák vůbec neví a ani vědět nepotřebuje. Čestnou výjimkou je pochopitelně oddělení studijní, v jehož čele stojí proděkan pro studijní záležitosti (doc. František Chmelík).